A Róma Aquincumban című állandó kiállítás a múzeum olyan rejtett értékeit tárja a látogatók elé, amelyek méltó kiállítására korábban nem volt lehetőség. A helytartói palota emlékeit bemutató, az épület egykori pompáját idéző kiállítótérben helyet kap több, a palotából származó, korábban nem látható, illetve restaurált mozaik. Együtt láthatók a falakat díszítő falfestmények, a szentélyberendezésekhez tartozó, sokszor monumentális szobrok, valamint az épület egykor fényűző berendezéséről tanúskodó szökőkút vagy kőből faragott díszedény rekonstrukciója. Az egykori épületbelső luxusát egészítik ki a vitrinekben található tárgyak, – a bronzból, üvegből vagy kerámiából készült import edények, az arany és ezüst ékszerek, – melyek a helytartó és környezetének mindennapjaihoz tartoztak.

Az állandó kiállítás másik különlegessége, hogy a bemutató keretein belül, több mint 75 évvel megtalálását követően méltó körülmények között mutathatjuk be világhírű zenei emlékünket, az aquincumi orgonát. A hangszer maradványai éppen annak az épületnek az alapozási munkálatai során kerültek elő, amelynek falai között most együtt láthatók az orgona alkatrészei, a szerkezetéről készült rekonstrukció és a megszólaltatható másolat.